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基因组测序已成为检测和跟踪 COVID-19 大流行中变异的重要公共卫生工具。虽然测序对于科学家和研究人员来说是司空见惯的,但它并不用于临床环境,因此,COVID-19 患者很少知道他们感染了哪种变体。
“绝大多数测序都是出于监测目的,”华盛顿大学医学院讲师、弗雷德哈钦森研究中心研究助理Pavitra Roychoudhury告诉 《Verywell》。“你正在从人群中随机抽样,并进行测序,看看那里有什么,从而作为可能在人群中传播的一个迹象。”
既然Omicron 变体对疫苗功效构成潜在威胁,一些人想知道, COVID-19 患者是否可以从知道他们感染哪种变体中受益。如果是这样,不同的变体是否需要不同的治疗方法?
但是,答案很复杂。根据 Roychoudhury 的说法,时间、物流和缺乏对患者的明显益处,是难以支持 COVID-19 患者感染了特定变异体的论据。
首先,如果实验室未获得 1988 年临床实验室改进修正案 (CLIA) 的认证,医疗保险和医疗补助服务中心 (CMS) 禁止实验室将测序测试结果返回给患者或医疗保健提供者。而且,许多报告特定变异的实验室向公共卫生部门提供的数据未经 CLIA 认证。
“这让一些人感到沮丧,因为正在对大量样本进行测序,但你却无法将这些信息提供给人们,”Roychoudhury 说。
Roychoudhury 在华盛顿大学的测序实验室工作,该实验室不直接与患者交流,但会根据要求与提供者和华盛顿公共卫生部门分享结果。
基因组测序有什么用?
基因组测序使科学家能够监测 COVID-19 病毒及它如何随着时间的推移而变成新的变种。它用于在人群层面里了解病毒的流行病及它如何影响健康。
但即使回馈结果很容易,研究人员也必须评估这是否会使个别患者受益。目前,答案似乎是:还没有。
“将结果回馈给一个会改变他们的行为或改变他们在临床管理方面的管理的人,你能得到什么?” Roychoudhury说。“这会改变你的行为方式吗?或者当你知道自己感染了新冠病毒后,采取相应的行动就足够了吗?”
她补充说,迄今为止,用于监测目的的测序非常有用,但在临床环境中测序的好处尚不清楚。
Roychoudhury 说,在未来,如果一种变异对 COVID-19 治疗产生有意义的影响,比如对某些抗病毒药物或抗体疗法产生抗药性或者显着改变疾病的进程,那么临床测序可能是有用的。
测序可以告诉我们关于变异的什么信息?
德克萨斯大学医学分部分子生物学创新主席Pei-Yong Shi博士告诉 《Verywell》,如果不能将测序数据与变异严重程度及其对人群的影响的信息配对,那么测序数据就毫无意义。
“[变体]需要非常仔细地研究,否则它只是一个突变,它只是一个代码,”Shi说。“你可以根据更密切相关的 “突变” 的知识进行一些推测,但你真的必须做实验才能找出造成什么影响。”
他补充说,在评估变体时需要考虑三件事:它对疫苗接种的敏感性、传染性和疾病严重程度。
Shi 领导 Shi Lab,他的团队使用测序数据,然后根据这些标准评估变异。该实验室还与 Pfizer-BioNTech 密切合作,测试他们的 COVID-19 疫苗的功效。
在测试针对变体的疫苗功效时,Shi使用了一种由他的实验室开发,称为反向遗传系统的系统。有了这个系统,他能够在培养皿中设计出一种病毒,将基因和氨基酸整合到结构中。他也可以通过替换某些氨基酸来匹配变体基因组序列中的突变来设计不同的变体。
“这是研究病毒最重要的工具,因为一旦你有了这个系统,你就可以设计或改变病毒的基因足迹,”施说。
一旦创建了所需的变体,Shi 就会使用不同的方法来衡量疫苗的功效。一方面,他插入了一个“绿色基因”,除了将病毒变成绿色外,它对改变病毒的成分没有任何作用。如果疫苗有效,绿色就会消失。
Shi 之前曾使用反向遗传系统来测试疫苗对变异体的功效,他目前正在使用它来确定加强剂是否能对 Omicron 提供足够的保护。如果没有,他的实验室将考虑 Omicron 特异性疫苗的功效。
科学家下一步会做什么?
迄今为止的研究并未表明不同的变异会影响 COVID-19 的轨迹或治疗方案。因此,专家们目前还没有提倡所有患者都收到他们的测序结果。
Roychoudhury 说,展望未来,了解 Omicron 能造成的严重程度和对治疗的反应的具体情况,仍然是 “观察和等待” 的情况。
Shi补充说,科学家们除了观察数据外,进行实验并了解该变体的影响也至关重要。他的实验室正计划在小鼠和仓鼠模型中测试 Omicron 的传播率和疾病严重程度。
“我不知道它是否会导致与之前的三角洲相同或更严重的疾病,”Shi说。“在该领域,疾病的严重程度似乎有所降低,但现在下结论还为时过早。”
“明确的信息是:它更具传播性,”他补充说,并指出了有关 Omicron 的现有研究。“但同样需要更多数据。”
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